原文地址：http://www.chemj.cn/viewthread.php?action=printable&tid=20684


MolEdit：http://159.149.163.21/moledit.htm
簡介：在線繪制2D結構，自動轉化為三維坐標文件，支持格式很多。

√ E-Babel：http://www.vcclab.org/lab/babel
簡介：相當于在線版的Babel，可以支持幾十種結構文件格式的轉換。注意不要打開瀏覽器彈出窗口過濾功能。

√ Opal Dashboard：http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do
簡介：一大批軟件的在線計算工具，包括MEME（搜索一組DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到靜電勢分布、溶解自由 能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半徑信息，轉為apbs等軟件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（創建pdbqt、GPF文件），Autogrid（計算autodock所需的格點文件），Autodock（分子對 接），FIMO，GLAM2，GLAM，GOMO。

在線版PDB2PQR：http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr

Prodrg 2.5：http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta
簡介：輸入結構或者在線繪制結構，生成gromacs等軟件的拓撲文件，以及加過氫的pdb、gro、mol結構文件。支持gromos87/96力場，支持結構優化。

Karlsberg+：http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php
簡介：基于線性PB方程在線計算蛋白質Pka

PROPKA：http://propka.ki.ku.dk
簡介：輸入PDB ID或者上傳pdb文件，計算PKa。輸出結果包括每個殘基的Pka，不同PH下的蛋白去折疊化能、最穩定時的PH值，折疊與去折疊時在不同PH下所帶電 荷、等電點PH、緩沖能力。雖然獨立狀態的氨基酸的PKa是已知的，但在蛋白中由于受到周圍其它氨基酸的影響PKa會發生改變，故此程序有助于正確判斷在 不同PH環境下模擬蛋白質時氨基酸所應處的質子化態。

H++：http://biophysics.cs.vt.edu/H++
簡介：通過隱式溶劑(GB/PB)和分子力學模型計算Pk，并根據指定PH自動將結構質子化

ProBuilder：http://159.149.163.21/probuilder.htm
簡介：輸入蛋白質序列和預期的二級結構生成蛋白結構文件

PDBsum：http://www.ebi.ac.uk/pdbsum
簡介：輸入PDB ID或者序列，顯示蛋白質信息、基本結構特征、結構出處的文獻摘要，可調用PROCHECK分析結構，可在線觀看3D結構。

√ PLATINUM：http://model.nmr.ru/platinum
簡介：此程序基于分子疏水勢的概念。上傳受體/配體結構文件后計算，會顯示分子總面積、極性面積、非極性面積的大小。得到的疏水勢格點文件可保存也可以在 線自動調用Jmol觀看，以不同顏色描述分子的疏水/親水性質，可以直觀了解受、配體不同方式的的結合能力。對于脂體系可以顯示2D疏水圖。

√√ MarvinSketch：http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.jsp
簡介：一款功能強大的繪制分子結構、反應式并計算相關性質的軟件的在線版，需要java運行環境，載入較慢?？勺孕欣L制也可以直接通過名字生成結構 (edit-import name)，可以直接從模版庫/基團庫中插入結構(insert-template library/group)，可以保存結構文件到本地?？梢燥@示周期表(view-periodic table)，獲得smile字符串(選中分子，edit-save as smile，然后隨便找個文本框paste)，顯示3D結構(view-Open MarvinView3D/Space)，給出結構的名字(tools-Naming)，得到分子式、分子量、元素組成(tools-Elemental analysis)，繪制滴定曲線、計算PKa、等電點、獲得指定PH環境下的被質子化/去質子化后的結構(tools-Protonation)，計算 LogP、LogD(tools-partitioning)，計算原子電荷、極化率、軌道電負性(tools-charge)，獲得互變異構體、立體異 構體(tools-isomers)，計算各個異構體的能量、做簡單分子動力學(tools-conformation)，結構拓撲分析、優化并計算能 量、計算SASA(tools-geometry)，顯示氫鍵供體/受體原子數目、Huckel分析、計算折射率、顯示共振結構、獲得結構框架 (tools-other)。在程序下方文本框中可以使用Chemical term語言編寫表達式來通過性質篩選分子、計算屬性。亦可免費下載此軟件的單機版。

MarvinSpace：http://www.chemaxon.com/marvinspace/applet.html
簡介：在線的基于java的分子可視化程序，使用Opengl庫，支持pdb、mol和cub格點文件。可用NewCartoon等方式顯示蛋白質骨架結構，可以用幾種方式顯示分子表面，并在上面用顏色顯示包括靜電勢在內的幾種信息。缺點是程序載入很慢。

REDS(RESP ESP charge Derive Server)：http://q4md-forcefieldtools.org/REDS
簡介：在線計算RESP電荷，注冊十分麻煩。

計算RRKM反應速率：http://phd.marginean.net/rrkm.html

DynDom：http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp
簡介：輸如蛋白質分子的兩個構象，可分析出構象變化所繞著的旋轉軸，以及導致結構變化的關鍵殘基。結果可以用rasmol程序顯示。

StrucTools：http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html
簡介：可以繪制蛋白質二級序列圖，計算主鏈氫鍵，繪制B因子-殘基圖，計算殘基所占體積并繪圖，計算殘基SASA，做Ramachandran圖，做蛋白質旋轉的gif/mpeg動畫。

TarFisDock(Target Fishing Dock)：http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock
簡介：反向對接程序，提供小分子結構，尋找受體蛋白。國內可能需要國外代理才能訪問，速度比較慢。

VRML File Creator：http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator
簡介：通過smile字符串或者結構文件，創建VRML(.wrl)文件。比如可以導入Acrobat 3D，在pdf文檔中演示分子的立體結構。

w3DNA：http://w3dna.rutgers.edu
簡介：輸入核酸PDB ID或上傳結構文件，分析其堿基結構參數。

WebMO：http://www.webmo.net/demo/index.html
簡介：提供了友好的GUI界面，可以在線繪制或導入結構并調用服務器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、 QChem、Tinker程序進行量化/分子力學計算。對于免費用戶WebMO提供了guest帳戶登入，但運算時間限制在60秒以內，在缺乏計算條件下 可以應急使用。

估算REMD模擬適宜的溫度設定：http://folding.bmc.uu.se/remd

在線蛋白質分析工具列表：http://www.bioinf.org.uk/servers

PBT Profiler：http://www.pbtprofiler.net
簡介：輸入化合物代碼或在線繪制結構，快速預測此化合物對環境污染的情況，包括在各種環境下的半衰期和分布狀況、生物累積性、毒性等。

√ WHAT IF：http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html
簡介：提供了十分豐富的蛋白質模擬相關工具。包括同源模建、檢查和修復蛋白結構、殘基突變、蛋白結構分析、可及表面計算、分析氫鍵、補全質子、原子間不正當接觸檢測、計算鹽橋、生成FlexDock輸入文件等等。