Windows3.x和MS-DOS一直使用的是文件分配表(FAT)系統(tǒng)；Windows95使用的是擴(kuò)展FAT文件系統(tǒng)；WindowsNT文件系統(tǒng)則在繼續(xù)支持16位文件系統(tǒng)的同時(shí)，還支持兩種32位的文件系統(tǒng)——WindowsNT文件系統(tǒng)(NTFS)和高性能文件系統(tǒng)(HPFS)。這幾種文件系統(tǒng)各有優(yōu)缺點(diǎn)，適合于不同的應(yīng)用目的。
一、文件分配表(FAT)系統(tǒng)
FAT文件系統(tǒng)1982年開始應(yīng)用于MS-DOS中。FAT文件系統(tǒng)主要的優(yōu)就是它可以由多種操作系統(tǒng)訪問，如MS-DOS、Windows3.x、Windows95/98/2k、WindowsNT和OS/2等。而且對(duì)于ARC兼容計(jì)算機(jī)來說，它的主分區(qū)必格式化為FAT分區(qū)，這個(gè)分區(qū)的大小只需能存放引導(dǎo)機(jī)器的文件就以了，而不會(huì)用于存放數(shù)據(jù)和其他應(yīng)用程序文件。遺憾的是FAT文件統(tǒng)不支持長(zhǎng)文件名。人們給文件命名時(shí)受8個(gè)字符名3個(gè)字符擴(kuò)展名8.3命名規(guī)則限制。同時(shí)FAT文件系統(tǒng)無法支持系統(tǒng)高級(jí)容錯(cuò)特性，不具有內(nèi)部安全特性等。
二、擴(kuò)展文件分配表(VFAT)系統(tǒng)
在Windows95中，通過對(duì)FAT文件系統(tǒng)的擴(kuò)展，長(zhǎng)文件名問題得到了善解決，這也就是人們所謂的擴(kuò)展FAT(VFAT)文件系統(tǒng)。在Windows95中，文件名可長(zhǎng)達(dá)255個(gè)字符，所以人們很容易通過名字來表現(xiàn)文件內(nèi)。但是為了同MS-DOS和Win16位程序兼容，它仍保留有擴(kuò)展名。它同也支持文件日期和時(shí)間屬性，為每個(gè)文件保留了文件創(chuàng)建日期/時(shí)間、文件最近被修改的日期/時(shí)間和文件最近被打開的日期/時(shí)間這三個(gè)日期/時(shí)間戳。Windows95的VFAT文件系統(tǒng)和下面將要提到的WindowsNT文件系統(tǒng)(NTFS)和高性能文件系統(tǒng)都支持長(zhǎng)文件名。在使用這個(gè)特性時(shí)注意到以下幾點(diǎn)：
1.由于長(zhǎng)文件名將要占用多個(gè)目錄項(xiàng)，因此，如果在根目錄中建立文件名文件，將會(huì)影響根目錄中可存放文件的總數(shù)目；如果在子目錄中建立長(zhǎng)文件名文件，將會(huì)多占用一些磁盤空間。
2.在MS-DOS下刪除一個(gè)或改變一個(gè)由長(zhǎng)文件名轉(zhuǎn)換而來的文件名，將丟失其長(zhǎng)文件名占用的用于保存長(zhǎng)文件名的名字字符目錄項(xiàng)和保存長(zhǎng)文件名的類型信息目錄項(xiàng)，這些目錄項(xiàng)如果不做特殊處理的話，在一般MS-DOS下將永久無法使用。
3.一些現(xiàn)有的基于DOS的磁盤管理實(shí)用程序（如磁盤碎片消除工具、磁盤位編輯器和一些磁盤備份軟件）處理FAT表項(xiàng)時(shí)，可能會(huì)破壞FAT表的長(zhǎng)文件名項(xiàng)，但相應(yīng)的8.3文件名不受影響。因此，我們應(yīng)該盡可能使用Windows95提供的磁盤管理實(shí)用程序來執(zhí)行文件備份、恢復(fù)等操作，以保留長(zhǎng)文件名。
4.在MS-DOS和Windows3.x中運(yùn)行的某些應(yīng)用程序，由于它不能識(shí)別長(zhǎng)文件名，使用這些應(yīng)用程序打開帶有長(zhǎng)文件名的文件后再存儲(chǔ)，長(zhǎng)文件名將丟失。或者將一個(gè)帶有長(zhǎng)文件名的文件拷貝到不支持長(zhǎng)文件名的系統(tǒng)中，則長(zhǎng)文件名也將丟失。
三、WindowsNT文件系統(tǒng)
NTFS支持WindowsNT的所有優(yōu)點(diǎn)。這些優(yōu)點(diǎn)中最重要的是WindowsNT的安全性。與NTFS文件系統(tǒng)相結(jié)合，能夠指定誰能訪問某一文件或目錄和對(duì)它作什么操作。在創(chuàng)建一個(gè)文件時(shí)，可以通知WindowsNT，哪些用戶可以讀該文件，哪些用戶可以修改該文件；另外，還可以指定誰可以列出一個(gè)目錄的內(nèi)容和誰可以在該目錄下增加文件。即使用戶知道文件的路徑，仍可以禁止訪問目錄中的文件，只有NTFS分區(qū)中的文件才有這種稱為任意訪問控制的能力。
NTFS的第二個(gè)優(yōu)點(diǎn)是它具有先進(jìn)的容錯(cuò)能力。NTFS使用一種稱為事務(wù)(transaction)登錄的技術(shù)跟蹤對(duì)磁盤的修改，因此，NTFS可以在幾秒鐘內(nèi)恢復(fù)錯(cuò)誤而不是HPFS的幾分鐘或幾小時(shí)（取決于HPFS分區(qū)的大小）。
NTFS的第三個(gè)優(yōu)點(diǎn)是其文件不易受到病毒和系統(tǒng)崩潰的侵襲，這種抗干擾直接源于WindowsNT操作系統(tǒng)的高度安全性能。即使在FAT和NTFS兩種文件系統(tǒng)在一個(gè)磁盤中并存時(shí)，由于NTFS文件系統(tǒng)只能被WindowsNT識(shí)別，一般的病毒還是很難在NTFS文件系統(tǒng)中找到生存空間。
對(duì)于大分區(qū)，NTFS比FAT和HPFS效率都高，F(xiàn)AT和HPFS比NTFS需要更多的空間來存儲(chǔ)文件系統(tǒng)用于管理硬盤上文件和目錄的信息。
此外，由于NTFS文件系統(tǒng)支持長(zhǎng)文件名，人們給文件命名時(shí)現(xiàn)也不需受8.3命名規(guī)則限制，從而可以給文件起一個(gè)反映其意義的文件名。NTFS支持向下兼容，甚至可以從新的長(zhǎng)文件名中產(chǎn)生老式的短文件名。當(dāng)文件寫入可移動(dòng)媒體（如軟盤）時(shí)，它自動(dòng)采用FAT文件名FAT文件系統(tǒng)。
實(shí)際上NTFS的主要弱點(diǎn)是它只能被WindowsNT所識(shí)別。NTFS文件系統(tǒng)可以存取FAT文件系統(tǒng)和HPFS文件系統(tǒng)的文件，但其文件卻不能被FAT文件系統(tǒng)和HPFS文件系統(tǒng)所存取，兼容性不是特別好。但從網(wǎng)絡(luò)安全性的角度來說，這種限制也是一種優(yōu)點(diǎn)，它可以保證如果其他操作系統(tǒng)沒有Windows的安全控制，其用戶就不能對(duì)NTFS分區(qū)中的文件進(jìn)行訪問。另外，如果引導(dǎo)驅(qū)動(dòng)器（也就是C驅(qū)動(dòng)器）使用NTFS文件系統(tǒng)，就不能使用Flexboot選項(xiàng)，因?yàn)镈OS系統(tǒng)只能從C驅(qū)動(dòng)器引導(dǎo)，但不能從NTFS驅(qū)動(dòng)器引導(dǎo)。相對(duì)WindowsNT來說，它的引導(dǎo)分區(qū)可以是FAT、NTFS和HPFS。最后它還存在一個(gè)問題，那就是即使使用WindowsNT驅(qū)動(dòng)程序，許多備份實(shí)用程序在操作NTFS分區(qū)時(shí)仍有問題。
四、高性能文件系統(tǒng)
OS/2的高性能文件系統(tǒng)(HPFS)主要克服了FAT文件系統(tǒng)不適合于高檔操作系統(tǒng)這一缺點(diǎn)，HPFS支持長(zhǎng)文件名，比FAT文件系統(tǒng)有更強(qiáng)的糾錯(cuò)能力。WindowsNT也支持HPFS，使得從OS/2到WindowsNT的過渡更為容易。HPFS和NTFS有包括長(zhǎng)文件名在內(nèi)的許多相同特性，但使用可靠性較差，也較低級(jí)。
上述的4種文件系統(tǒng)都為Windows所支持。總的來說，用戶可以從文件系統(tǒng)的能力、文件系統(tǒng)的安全機(jī)制、使用的方便性以及相應(yīng)的硬件環(huán)境等幾個(gè)方面來綜合考慮需安裝的文件系統(tǒng)，單獨(dú)選擇其中一種文件系統(tǒng)或者它們中幾種文件系統(tǒng)的組合，以使系統(tǒng)工作于最佳狀態(tài)。