MessageDigest的選擇好多，包括MD2、MD4、MD5、SHA-1、SHA-256、RIPEMD128、RIPEMD160等等。我們如何選擇呢？
選擇考慮在兩個方面：安全、速度。
MD2很安全，但是速度極慢，一般不用。
速度方面，最快的是MD4，MD5比SHA-1快
速度排名：MD4 > MD5 > RIPEMD-128 > SHA-1 > REPEMD-160
按照《應用密碼學手冊》提供的表格數據為：
MD4 長度 128 相對速度 1
MD5 長度 128 相對速度 0.68
REPEMD-128 長度 128 相對速度 0.39
SHA-1 長度 160 相對速度 0.29
REPEMD-160 長度 160 相對速度 0.24
我親自測試的結果和《應用密碼學手冊》提供的數據接近。
MD4已經很早證明有缺陷，很少使用，最流行的是MD5和SHA-1，但MD5和SHA1也被王小云找到碰撞，證實不安全。
傳說SHA-1比MD5要安全，但是SHA-1有美國國家安全局的背景，有人懷疑這個算法背后有不可告人的秘密，我也是陰謀論者之一，傾向選擇MD5而不是SHA-1。王小云找到SHA-1碰撞之后，可以說傳說的謠言破滅了，而且MD5速度要比SHA-1快差不多一倍，沒有什么理由選擇SHA-1。
----------------------------------
在Java的現實環境中是怎樣？
在SUN的JCE實現中，只提供了MD2、MD5、SHA-1，SHA-256等常用的MessageDigest算法。
開源的JCE實現bouncycastle則提供了眾多的實現，包括MD整個系列，SHA整個系列，RIPEMD整個系列。
很多的開源項目都帶一個bcprov-jdk14.jar的包，可以說bouncycastle應用很廣泛。SUN公司的一些項目也用了bouncycastle，例如JXTA。
但實際上，SUN的實現包括了MD4，但你需要這樣使用：
MessageDigest md = sun.security.provider.MD4.getInstance();
但是，JDK帶實現性能要比bouncycastle性能好得多，相差速度通常超過一倍以上，我測試過MD5、SHA1和MD4，其性能差別都是類似，一倍多。
比較的結論：
bouncycastle開源免費，提供算法多，但速度較慢
SUN JCE提供的實現，包括了流行常用算法，速度很快，同類型算法比bouncycastle要快一倍以上。
----------------------------------
結論：
又要安全又要速度，選擇MD5
追求安全，不在意速度，相信傳說，不相信陰謀論，選擇SHA系列
追求速度，安全次之，可以選擇MD4。
----------------------------------
現實例子：
emule采用MD4和SHA-1兩種結合使用
apache之類的技術網站，提供下載的文件，同時提供一個校驗文件.md5
