"/"根目錄包含基本的操作系統和維護工具。這個目錄的文件可以啟動系統，并且需要的話，可以完成緊急維護和修復的功能。
"/usr"目錄包含所有的命令、程序庫、文檔和其它文件。這些文件在正常操作中不會被改變的。這個目錄也包含你的Linux發行版本的主要的應用程序，譬如，Netscape。
"/var"目錄包含在正常操作中被改變的文件：假脫機文件、記錄文件、加鎖文件、臨時文件和頁格式化文件等。
"/home"目錄包含用戶的文件：參數設置文件、個性化文件、文檔、數據、EMAIL、緩存數據等。這個目錄在系統升級時應該保留。
"/proc"目錄整個包含虛幻的文件。它們實際上并不存在磁盤上，也不占用任何空間。（用ls -l 可以顯示它們的大小）當查看這些文件時，實際上是在訪問存在內存中的信息，這些信息用于訪問系統。
"/"根目錄部分有以下子目錄：
/bin 系統啟動時需要的執行文件（二進制），這些文件可以被普通用戶使用。
/sbin 系統執行文件（二進制），這些文件不打算被普通用戶使用。（普通用戶仍然可以使用它們，但要指定目錄。）
/etc 操作系統的配置文件目錄。
/root 系統管理員（也叫超級用戶或根用戶）的Home目錄。
/dev 設備文件目錄。LINUX下設備被當成文件，這樣一來硬件被抽象化，便于讀寫、網絡共享以及需要臨時裝載到文件系統中。正常情況下，設備會有一個獨立的子目錄。這些設
備的內容會出現在獨立的子目錄下。LINUX沒有所謂的驅動符。
/lib 根文件系統目錄下程序和核心模塊的共享庫。
/boot 用于自舉加載程序（LILO或GRUB）的文件。當計算機啟動時（如果有多個操作系統，有可能允許你選擇啟動哪一個操作系統），這些文件首先被裝載。這個目錄也會包含LINUX核（壓縮文件vmlinuz），但LINUX核也可以存在別處，只要配置LILO并且LILO知道LINUX核在哪兒。
/opt 可選的應用程序，譬如，REDHAT 5.2下的KDE （REDHAT 6.0下，KDE放在其它的XWINDOWS應用程序中，主執行程序在/usr/bin目錄下）
/tmp 臨時文件。該目錄會被自動清理干凈。
/lost+found 在文件系統修復時恢復的文件。
"/usr"目錄下比較重要的部分有：
/usr/X11R6 X-WINDOWS系統（version 11, release 6)
/usr/X11 同/usr/X11R6 （/usr/X11R6的符號連接）
/usr/X11R6/bin 大量的小X-WINDOWS應用程序（也可能是一些在其它子目錄下大執行文件的符號連接）。
Linux 新手管理員指南（幻影快遞Linux 小組: ShadowfaxLinux@hotmail.com）
/usr/doc LINUX的文檔資料（在更新的系統中，這個目錄移到/usr/share/doc）。
/usr/share 獨立與你計算機結構的數據，譬如，字典中的詞。
/usr/bin和/usr/sbin 類似與"/"根目錄下對應的目錄（/bin和/sbin），但不用于基本的啟動（譬如，在緊急維護中）。大多數命令在這個目錄下。
/usr/local 本地管理員安裝的應用程序（也可能每個應用程序有單獨的子目錄）。在"main"安裝后，這個目錄可能是空的。這個目錄下的內容在重安裝或升級操作系統后應該存在。
/usr/local/bin 可能是用戶安裝的小的應用程序，和一些在/usr/local目錄下大應用程序的符號連接。需要理解的是：所有目錄出現在單一的文件目錄樹下，即使這些目錄在不同的分區，物理驅動器
(包括軟驅)，或者甚至分布在網絡上。所以，在LINUX下沒有類似在DOS下的驅動符。在DOS或WINDOWS下的驅動符，在LINUX下以一個裝載位置下的子目錄的形式出現。大多數的LINUX發行版本，目錄系統很完善并且標準（Linux Standard Base發布了微小的區別）。LINUX目錄系統和典型的商業UNIX目錄系統完全相似。總結來說:
• 用戶應該將文件存在/home/user_login_name目錄下(及其子目錄下)。
• 本地管理員大多數情況下將額外的軟件安裝在/usr/local目錄下并符號連接在/usr/local/bin下的主執行程序。
• 系統的所有設置在/etc目錄下。
• 不要修改根目錄（"/"）或/usr目錄下的任何內容，除非真的清楚要做什么。這些目錄最好和LINUX發布時保持一致。
• 大多數工具和應用程序安裝在目錄：/bin, /usr/sbin, /sbin, /usr/x11/bin,/usr/local/bin。
• 所有的文件在單一的目錄樹下。沒有所謂的"驅動符"。更多關于/proc目錄（僅為真正好奇的讀者）
/proc"虛擬"文件系統目錄是一個實時的居留內存的文件系統，用于監視操作系統內核和在計算機上運行的進程的狀態。/proc目錄是完全虛擬的，即它不寫入任何特殊的磁盤或其它永久的媒體，它僅居留于計算機的內存，并且它是不斷地更新以反映系統的變化。/proc目錄的大小總是0，最后的日期總是當前日期。手工改變/proc目錄下文件的內容可能會改變系統設置。許多LINUX使用工具利用/proc目錄作為信息資源，如,dmesg, ps, top等。
/proc目錄的內容：
/proc/cpuinfo 關于處理器的信息，如類型、廠家、型號和性能等。
/proc/devices 當前運行內核所配置的所有設備清單。
/proc/dma 當前正在使用的DMA通道。
Linux 新手管理員指南（幻影快遞Linux 小組: ShadowfaxLinux@hotmail.com）
/proc/filesystems 當前運行內核所配置的文件系統。
/proc/interrupts 正在使用的中斷，和曾經有多少個中斷。
/proc/ioports 當前正在使用的I/O端口。
舉例，使用下面的命令能讀出系統的CPU信息。
cat /proc/cpuinfo